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[科技日报]全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库上线

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  据中国农科院最新消息,该院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的“全球黄萎病菌基因组研究”计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics),并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等。

  团队首席戴小枫研究员先容,黄萎病被称为植物“癌症”。作为引起黄萎病的病原真菌,大丽轮枝菌是一种毁灭性的土传病原真菌,可侵染包括棉花、马铃薯、多种蔬菜瓜果和林木等在内的600多种植物,年均造成损失近百亿美金;与马铃薯晚疫病并列为世界头号检疫对象。该病原难以防控的重要原因是种群结构复杂,农业生产实践中缺少分子流行检测技术。

  针对这一难题,团队联合国内外16家科研机构开展协同攻关,构建了迄今为止来源最丰富的菌种资源库,发起了“全球黄萎病菌基因组研究”计划。目前已完成基因组解析工作(全基因组159株、重测序3624株),搭建了Verticilli-Omics数据库1.0版本并开始线上运行。该数据库收录了来源于10个国家的26个寄主共8102份黄萎病菌菌种资源;释放了159个大丽轮枝菌全基因组数据,占目前全球已释放大丽轮枝菌基因组总数的85%;搭建了基因组可视化、基因功能检索、基因比对等分析平台。团队目前还在搭建Verticilli-Omics数据库2.0版本,主要展示全球大丽轮枝菌遗传变异组数据。

  该项研究得到国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项、中国农科院科技创新工程等项目支撑。

(单位:澳门普京娱乐植物保护研究所 )
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